2006年11月2日上午，全国足球乙级联赛落下帷幕，在首先进行的季军争夺中，天津火车头和安徽队上演对攻大战，在120分钟的时间里双方战成3-3平。这样续两场半决赛后又上演了点球大战，最终安徽队在点球大战中获胜以总比分9-8战胜了对手获得了今年联赛的季军，而火车头队在连续两场点球失利后遗憾的获得第四名。

　　在季军之争结束后本年度乙级联赛决赛随即上演，由北京理工大学对阵哈尔滨毅腾，虽然两支球队已经率先获得明年中甲资格，但是双方在赛前丝毫没有放松迹象，并且都喊出了要夺冠的口号。上半场第20分钟北京理工大学队率先打破僵局，随后学生军越战越勇最终凭借王强在尾声阶段进球以3-0完胜。

　　至此本年度全国足球乙级联赛全部结束，北京理工大学和哈尔滨毅腾队携手晋级明年中甲联赛。