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俱乐部创建
上海申花俱乐部足球队，前身为上海足球队。曾于1963年和1964年夺得全国联赛冠军，1983年获第五届全国运动会男足冠军，1991年获全国优胜者杯冠军。
1993年中国足球实行职业化联赛制，甲A联赛时代开始，同年12月10日，上海申花足球俱乐部正式成立，俱乐部实行董事会领导下的总经理负责制，当时的总经理为孙春明，副总经理为陈良宇之子陈维力，董事长为郁知非，首任主教练为上海名帅徐根宝。
首夺联赛冠军
在徐根宝的带领下，申花队形成了“抢逼围”的风格，对当时的中国足坛带来很大冲击，申花队被称为“激情之旅”，在1995年创下了十连胜的佳绩并勇夺当年甲A联赛冠军。队长范志毅表现出色，并涌现出谢晖，申思，吴承瑛，祁宏，朱琪等一批优秀年轻球员，形成了申花队的主力阵容，一批优秀球员先后入选国家队，而球队核心范志毅、谢晖、祁宏并称为“申花三剑客”。
技术流派
1997年至1998年，申花队先后聘请了保加利亚人斯托依科夫和前波兰国家队主教练安杰依斯特雷劳，力求完善自己的风格，在激情中融入理性。1998年年初，申花俱乐部同巴西圣保罗足球俱乐部结成友好关系，申花队花费四百万美元在圣保罗建立了青少年足球培训基地，为了帮助申花队取得优异成绩，圣保罗俱乐部委派前任主教练墨里西以及三名高水平巴西外援到申花效力，至此，申花队开始真正向技术型足球风格过渡。
历经低潮
1999年,申花队聘请了著名的前巴西国家队主教练塞巴斯蒂安·拉扎罗尼出任主教练,但由于主教练与俱乐部和球员没有良好的沟通，俱乐部过多干预主教练工作造成球队成绩大幅下降。队内包括申思、朱琪、区楚良一些主力队员纷纷提出转会。
2000年申花队请来了南斯拉夫著名“红星大帅”柳普科·彼德洛维奇，并由国内有名的“铁腕教练”贾秀全出任领队及助理教练。同时还引进了三名内援，分别是胡志军、庞利、刘建生。俱乐部准备在新千年到来之际重振雄风，重塑申花风格。2001年，塞尔维亚名帅伊利亚·佩特科维奇出任申花主教练，并留用了佐兰·兰科维奇等优秀外援，引进了原辽宁队射手曲圣卿等国内名将，志在冲击联赛冠军。其中，赛季中期，申花俱乐部更是大手笔引进了1998年法国世界杯巴西队主力中后卫儒尼奥尔·巴亚诺，最后却未取得成功。
2001赛季结束后，郁知非退出申花管理层，并由上海文广集团接手，却保留了队名中的“申花”二字。申花在此后的资产经营中，将申花俱乐部的全部股份转卖给上海的新世界集团、巴士实业、久事、申能集团、国际信托、新高潮和华生化工六家业绩较好的公司。新组建的申花俱乐部由楼世芳出任总经理，并邀请老帅徐根宝出山，再掌帅印。02赛季，申花合并了完全由年轻队员组成的乙级联赛球队上海有线02，补充了杜威、孙吉、孙祥、于涛等多名极具潜力的年轻球员。但原队中的核心人物申思和祁宏却因为某些原因出走同城的上海中远俱乐部。该赛季，申花引进了乌拉圭著名球星鲁本·索萨，但却因为队中矛盾、队伍年轻等种种原因，取得了历史最差成绩，老帅徐根宝也于赛季后期黯然下课，由少壮派教练吴金贵接任。
登顶末代甲A
2003赛季是申花俱乐部历史上又一个黄金期。赛季前，吴金贵挑选了前德甲汉堡队队长“铁锤”约根·阿尔贝茨、前南斯拉夫著名中场德扬·佩特科维奇等优秀外援，与留用的速度型前锋洪都拉斯国脚索尔·马丁内斯一起，组成了极强的攻击力，加上申花新生代球员的成熟，最终一举夺得了末代甲A联赛冠军。
申花联城俱乐部大合并2007年2月8日上海申花与上海联城共同召开记者会公布由于上海联城俱乐部主席朱骏斥巨资注入上海申花而宣布两支足球俱乐部合并组成新球队,新球队名称仍旧为上海申花足球俱乐部,并组成新的30名球员参加比赛，其中原申花球员和原联城球员各15名。中国足协已经批准了两家俱乐部的合并。
球队近况
同年3月29日，上海申花俱乐部在例行媒体开放日宣布，下放上海申花以及中国国家足球队主力中卫杜威至预备队，理由是比赛和训练状态达不到一线队要求，因此决定下放。杜威的下放以及之前同为老申花球员的成亮和李诚铭的下放，激起了所有上海申花球迷的愤慨，球迷们在网络上抨击了球队老板朱骏以及俱乐部总顾问张德发的无理举动，言辞相当激烈，而申花官方面对球迷抨击则选择拒绝回应，更加激化了俱乐部与球迷之间的矛盾。
在申花大合并的首次亚洲赛场上，上海申花在2007年度亚洲足球冠军联赛小组赛中先后输给了澳大利亚的悉尼足球俱乐部，印度尼西亚的佩西克和日本的浦和红宝石提前3轮遭淘汰。
在6月7日开幕的A3冠军杯上以3：0完胜去年韩国k联赛冠军刚在亚冠中淘汰了山东鲁能的城南一和队，并且创造了中国球队在同韩国球队交锋史上比分最悬殊的胜利，并且在第三轮3:1大胜日本联赛冠军浦和红宝石，成为首支夺得A3冠军杯冠军的中国球队。
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